1831-ben Bartolomeu Blaj román ortodox főesperes felvetette a brassói katolikus gimnázium megalapításának ötletét. A ferences rendi szerzetesek telkén, illetve épületében szerette volna létre hozni az intézményt, ám a tartományi főnökség nem volt hajlandó lemondani a telek tulajdonjogáról.
Az iskola létrehozása így végül felfalusi Kovács Antal apátplébánosnak köszönhető, aki 1837. szeptember 8-án bejelentette az egyháztanácsnak, hogy a Kolostor utcában található plébániai lak ebédlőjében elindítja a gimnázium első osztályát. Október 1-jén 20 diákkal, szerény körülmények között megkezdte az első osztály tanítását, latin tannyelvet oktatott.
Hamarosan a tanulók és tanárok számának gyarapodása túlnőtte a plébánia kereteit. Az apát-igazgató a gyulafehérvári püspökséghez, illetve a bécsi udvarhoz folyamodott, ám a terv és a költségvetés jóváhagyása csak 1847-ben érkezett meg. A Bitterman Lőrinc által tervezett új épület 1848-ban készült el, az új tanévet 127 tanulóval kezdték meg.
1849–50-ben az orosz hadsereg hadikórházként használta az épületet, amely súlyos károkat szenvedett. 1856-ban osztrák utasításra az iskolát négyosztályos algimnáziummá fokozták le. A latin nyelvű oktatás helyett a németet tették kötelezővé, ami a tanulók létszámának jelentős csökkenését okozta. 1861-től a tanítás nyelve a magyar lett, tizenegy évvel később pedig az iskola visszanyerte főgimnáziumi státusát.
1916. augusztus 28-án a román hadsereg elfoglalta Brassót. A tanítás szokásos rendje csupán az 1919–20-as tanévben állt helyre. Kötelezővé tették a román nyelv, illetve a román történelem, földrajz és alkotmánytan oktatását. 1931-ben internátus létesült. 1937 november 7-én megünnepelték az iskola fennállásának századik évfordulóját.
A második világháború végén az oroszok kisajátították az épületet, és egy ideig hadikórházként használták. 1948 júniusában a hatalomra került kommunisták utasítására megszűnt a Római Katholikus Főgimnázium felekezeti jellege, majd augusztusban államosították az intézményt. Az államosítás után az iskola neve 4. Számú Magyar Vegyes Líceum. Szovjet modell alapján a középiskolai oktatást tízosztályosra zsugorították.
1956 november elején a gimnázium tizedik osztályos diákjai megalapították az Erdélyi Magyar Ifjak Szövetségét (EMISZ), hogy tovább éltessék a magyarországi forradalom eszméjét, és felvállalják a székelység sorskérdéseit. A hatalom két év múlva felszámolta a szervezetet, 79 – többnyire tizenéves – fiatalt ítéltek börtönre vagy kényszermunkára.
1960-ban önálló intézményként megszüntették a 4. Számú Magyar Vegyes Líceumot, a magyar tagozatot az Unirea Líceumba sorolták be.
1990 elején a román tanügyi minisztérium jóváhagyta az önálló magyar gimnázium megalakítását, ám a kivitelezés menetét a megyei tanfelügyelőségre, valamint az Unirea Líceum és a 6. Számú Általános Iskola közötti megegyezésre bízta. 1992 májusában az iskola hivatalosan is felvette az Áprily Lajos Elméleti Líceum nevet, a brassói születésű impresszionista költő emléke előtt tisztelegve.
A szakképzett, jól felkészült pedagógusok a fő hangsúlyt az oktató-nevelő munka minőségére helyezték, annak ellenére hogy a tanteremgondok, a rosszul felszerelt laboratóriumok, szaktermek nehezítették a munkájukat.
2003 szeptemberében az Áprily Lajos Elméleti Líceum birtokba vette a felújított iskolaépületet. 2004-ben a tanintézmény megszerezte a főgimnáziumi státust.
És a jelen?